В каталогах надо ВСЕГДА регистрироваться вручную. Никакие программы по автоматической регистрации в каталогах не дадут вам нужного результата. Кроме того, в отличие от поисковых систем, если ваш сайт был неправильно зарегистрирован в каталоге, то вы уже практически ничего не сможете исправить. Для этого надо списываться с людьми, которые ведут каталог, а как правило это дело хлопотное и долгое. Поисковые же системы, в отличие от каталогов, достаточно легок могут переиндексировать ваш сайт.

Также, необходима ручная регистрация в наиболее важных поисковых системах. Регистрация во всех ведущих поисковых системах займет у вас, максимум, 30 минут, но вы будете уверены, что ваш сайт поставлен в очередь на индексирование и все прошло нормально. Что касается второстепенных поисковых систем, то здесь вы можете использовать программы автоматической регистрации. Тоже самое касается и досок объявлений.
Не забывайте перерегистрировать свой сайт в ведущих поисковых системах. Как правило, достаточно это делать раз в месяц.

Сколько страниц надо регистрировать?

Для регистрации сайта в поисковых системах лучше всего предоставлять страницу с "картой сайта". В этом случае можно быть уверенным, что поисковый робот ничего не пропустит. В принципе, если с главной страницы по ссылкам можно попасть на любую из страниц веб-сайта, можно зарегистрировать только главную страницу. Робот поисковой системы рано или поздно обойдет весь сайт, но следует иметь в виду следующее:

- при регистрации сайта поисковые системы обычно оперативно индексируют указанную страницу, а все остальные ставят в очередь на индексацию. Разница по времени между индексацией указанной страницы и всего остального сайта может составить несколько недель;

- некоторые поисковые системы не индексируют внутренние страницы сервера глубже четвертого уровня (т.е. когда для попадания на страницу надо совершить четыре перехода);

- организация навигации с помощью frames, imagemaps, java скриптов может помешать роботу пройти вглубь веб-сайта для индексации внутренних страниц.

Принимая во внимание вышеперечисленное, желательно регистрировать не только начальную страницу сайта, но и ряд внутренних ключевых страниц.